肛瘘主要是指肛管或者直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。肛瘘的分类方法有很多种，临床上常常有下面两种，将肛瘘进行分型。
（一）按照瘘管位置高低进行分类，可以分为1，低位型肛瘘：主要是指瘘管位于外括约肌深部以下，可分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。2，高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上，可分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘。这种方法在临床上较为常用。
（二）另外一种分类主要是按照瘘管走行与括约肌的关系进行分类，可以将肛瘘分为四类，各类分类方法对于指导治疗和判断预后有一定意义。1，括约肌间肛瘘：为低位肛瘘，约占70%。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，多在3~5厘米。内口常在齿状线附近。少数在直肠。2，经括约肌肛瘘：可以是低位肛瘘，也可以是高位肛瘘，约占25%。多是坐骨直肠窝脓肿引流后形成。3，括约肌上肛瘘：为高位肛瘘，较为少见，约占5%。治疗上存在一定困难。4，括约肌外肛瘘：最少见，约占1%。常为骨盆直肠窝脓肿的后遗症。