肛瘘在临床上有很多种分类方法。
第一，高低之分，分为低位肛瘘和高位肛瘘，如果瘘管位于肛直环下方为低位肛瘘，而跨过肛直环的为高位肛瘘。
第二，单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，一般来讲单个外口、单根瘘管的肛瘘称为单纯性肛瘘。而有多个外口、内口或者多根瘘管的肛瘘，就是复杂性肛瘘。有些单个外口单根瘘管的肛瘘，由于瘘管过长或者弯曲，走行复杂也属于复杂性肛瘘。
第三，按括约肌与瘘管关系区分，包括括约肌间型肛瘘、经括约肌肛瘘、括约肌上肛瘘，以及括约肌外肛瘘。