肛瘘是肛管直肠周围脓肿的后遗症，引起肛瘘的原因主要有以下几种：
一、直肠肛管周围脓肿是形成肛瘘的最主要原因，95%以上的肛瘘都是因此病引起。
二、因吞咽骨头、金属及行肛门检查等损伤了肛管直肠组织，细菌侵入伤口导致感染后形成肛瘘。
三、肛裂裂口反复感染可并发皮下瘘。
四、前列腺、尿道及会阴部的手术发生感染，也可波及肛门直肠周围，引起脓肿及肛瘘。
五、溃疡性结直肠炎也可以并发肛瘘。
六、患有糖尿病、白血病等慢性消耗性疾病的病人，因机体抵抗力下降，常有血行感染引起肛瘘。