肝包虫病的潜伏期时间不一，短到10天左右，长达10年、20年，但是棘球绦虫发育成包虫囊肿并长大行成成虫，只需要3-6周的时间。
肝包虫病初期一般没有特殊明显临床不适症状，随着肝包虫的进展，包虫长大，出现占位效应，可以出现肝区胀痛、右上腹隐痛，有的常常伴有后背部的疼痛，也可以出现胃肠道症状，比如恶心、呕吐、乏力、纳差。
如果肝包虫持续增大以至于肝包虫破裂，可以出现急腹症、过敏等等的症状表现，比如发烧、腹痛、胸闷、气短等等。如果侵犯胆道系统，可以出现相应的症状表现，比如黄疸、皮肤巩膜黄染、尿黄、胆道系统的感染等等。