肝内胆管结石最常见的病因是感染，以消化道细菌的逆行感染为主，肝脓肿和胰腺炎也可以诱发胆结石；除此之外，不良的生活和饮食习惯，比如久坐不运动、缺乏锻炼、过于肥胖、喜欢吃高脂肪和高胆固醇类的食物、早上不吃饭、暴饮暴食以及一些代谢性和溶血性的疾病，都是导致胆结石的常见诱因。
目前对于胆结石的治疗，除了积极处理结石外，还需要对原发病进行治疗。
饮食上主要是以清淡为主，不要吃一些过于油腻的食物，少吃油炸食品，戒烟戒酒，适当的进行运动；目前并没有资料显示咖啡会造成胆结石，因此可以适当饮用。