严格意义上来说，肝内胆管结石并不是肝上长了结石。肝内胆管结石顾名思义是指肝脏内部的胆管里出现了结石，而不是肝脏组织出现了结石。
肝脏内部有很多的血管、淋巴管和胆管，它们与肝脏实质有密切的接触。从形态学的角度肝内胆管结石并不是肝上长结石。从另一种角度上来分析，肝内胆管结石虽然没有和肝脏进行直接的接触，但是它包裹在肝脏组织之间。
无论是肉眼还是影像学的检查，都可以直观的看出结石是发生在肝脏内部。从结构学的角度上肝内胆管结石是肝上有结石。