肝内胆管结石可以进行手术治疗，而且手术治疗目前是肝内胆管结石患者首选的治疗方案。
理论上肝内胆管结石还可以采取保守治疗，适用于那些没有明显临床症状的患者或者肝内胆管结石比较小，这种情况下就可以服用一些溶石和排石的药物，症状较轻时采取消炎利胆、抑酸护胃、保肝等对症治疗。
但是，由于肝内胆管结石通过保守治疗很难根治，所以病情发展到一定程度以后，还是需要手术治疗。手术治疗方案与结石的大小、位置、数量等关系密切，常见的手术方案有胆管切开取石术、肝脏部分切除术，肝移植术等。