脑炎患者预后和脑炎的轻重、发病的原因、患者的体质等因素有关，不能一贯而论。
能引起脑炎的病因包括病毒性脑炎、细菌性脑炎、真菌性脑炎、隐球菌性脑炎等。如果患者体质较好，抵抗力较高，发生了病毒性脑炎，一般转归比较好。本病有一定的自愈倾向，正常情况下患者不会遗留有明显的后遗症。
如果是细菌性脑炎，早期通过积极、有效的抗感染治疗，将来恢复的可能性也很大。结核性脑炎和隐球性脑炎一般预后比较差，很难完全治愈，往往会遗留有比较严重的后遗症。如果早期治疗不及时，这些疾病还有可能会反复发作。