肝包虫病的常用药物是阿苯达唑，用药疗程半年以上，部分病人治疗有效。但是通过大量的临床研究发现，药物对肝包虫病的治疗效果较差，而且疗程长，不排除病情恶化的风险，而且只适用于早期囊肿小、外囊壁薄、有广泛播散和手术危险性大的病人。
目前于肝包虫病的治疗，手术是首选方案。手术原则是：摘除内囊，避免囊液外溢，防止复发。尽可能消灭残腔，处理和预防胆漏等并发症，只有早期预防才能达到最佳愈后。