彻底治愈肛周脓肿主要是手术治疗。
肛周脓肿一旦确诊，且局部已经形成脓肿，应立即手术。手术时彻底切开脓腔引流出脓液，对于有感染来源内口的要找到内口，切开内口。脓肿切开要彻底，不留死腔，引流通畅，通过肉芽组织生长填塞脓腔使脓肿治愈。少部分肛周脓肿尚未化脓处于炎症期，来源于皮下组织感染，经抗炎等保守治疗也能治愈。
及时治疗肛周脓肿，可以减轻患者痛苦，防止肛门括约肌受损、防止脓肿破溃形成肛瘘、防止感染向全身扩散，危及生命。