早期肛周脓肿保守治疗可口服消炎药或者静脉注射广谱抗生素和抗厌氧菌的抗生素，如头孢类、奥硝唑等药物。可用高锰酸钾肛门熏洗、坐浴，或者用清热解毒、消肿止痛作用的中草药坐浴。
有少数早期肛周脓肿经保守治疗能控制，大多数肛周脓肿形成后，要进行手术治疗，只有手术治疗才能治愈肛周脓肿。
有的肛周脓肿保守治疗后还会复发，因为大多数肛周脓肿来源于肛管内肛窦感染，保守治疗不能处理感染源，再次出现感染，还会发生肛周脓肿。