肛周脓肿存在内口的情况下，最正规的治疗方法在感染成脓之后，术中找到内口，进行挂线处理，外口处切开排脓，充分引流，待挂线脱落，内口及外口都愈合后才算治愈。
如果肛周脓肿没有内口，与肛门不相通，在感染尚未成脓时，可给予消炎药物静滴以控制炎症。
如果感染能控制住，则经过药物治疗就治愈。如果感染不能控制，形成脓肿后，则应将脓肿切开排脓，充分引流，待伤口愈合后就说明已治愈。
治疗时，应该注意的是将脓液取出后，进行细菌培养以及药物敏感试验。待结果出来后，针对性的用药治疗，对治疗肛周脓肿有很大帮助。