只有手术将发生肛周脓肿的感染源肛窦处理彻底，肛周脓肿就会不再复发。如果肛周脓肿手术时只切开引流，引出脓液，由于原发病灶未处理，还会出现复发，后期形成肛瘘。
肛周脓肿的发生来源于肛管内肛腺和肛窦感染，肛腺位于肛门括约肌内，开口在肛门内齿线上的肛窦处，肛窦开口向上，粪便容易进入肛窦内，引起肛窦感染。炎症沿肛腺扩散，通过淋巴管进入肛周间隙，引起软组织化脓感染，从而引起肛周脓肿。
所以手术将肛窦处理彻底，肛周脓肿就不再复发。