胆总管囊肿手术后遗症，往往有近期以及远期症状，具体分析如下：
1.在做完手术之后，患者在住院期间可能会有并发症出现，比如有的患者会出现胆肠吻合口瘘或腹腔感染现象。有的会出现胰瘘或腹腔出血、切口感染症状。部分患者情况比较严重，可能会出现肝功能衰竭、多器官功能衰竭现象。
2.患者可能会有远期并发症出现，主要表现在胆肠吻合口狭窄，有的患者肝内胆管会有结石形成。有的人甚至会有急性胰腺炎、胆管系统癌变等，一般发生率大概有25%。