胰腺囊肿也可以通过中医中药进行治疗，中医通过长期临床实践，发现了非常多的可以治疗胰腺囊肿的药物，包括虫草、猪苓、明党参、桑寄参、青阳参、香菇、红豆蔻、桑白皮、杜仲、降香、茯苓、白术、八月札、知母、片姜黄、制南星、山萸肉、木瓜等。
但是，中药的疗程较长，见效缓慢，而且由于胰腺囊肿的病因及分类不同，临床上以胰腺的假性囊肿最为常见，假性囊肿大多由外伤和手术引起，中药对它的治疗效果并不显著。目前临床主要以西医的抗感染治疗为主。
此外，胰腺囊肿还包括阴性囊肿和囊性肿瘤，囊性肿瘤又包括囊性腺瘤和囊性癌，目前临床上大多需要通过手术达到治疗的目的。