随着科学的进步和医疗技术的发展，腹腔镜的微创手术越来越广泛的被应用到临床实践中，胆道系统中的绝大多数疾病，都可以通过腹腔镜微创手术进行治疗。肝内胆管结石的手术方案的选择，需要结合患者的实际情况，包括结石的数量、大小、位置等。
如果结石位置靠下，数量较小，临床上以腹腔镜下胆管切开取石术为首选。如果胆结石数量较多，位置较深，可能需要将结石连同周围的肝脏组织一并切除。
如果肝功能损害较为严重，需要进行肝移植。对于很多手术经验丰富的医生来说，能够很熟练的通过腹腔镜进行肝脏组织的切除，但肝移植手术目前仍以开腹手术为主。