首先需要明确一下肝总管扩张的原因，除了先天性的发育异常可致肝总管扩张外，临床上常见的造成肝总管扩张的原因，包括胆道系统的梗阻和炎症。前者既包括了结石引起的梗阻，也包括各种类型的胆道良、恶性肿瘤或胰腺和消化道肿瘤等。
如果是结石引起的肝总管扩张，扩张程度较轻时可通过服用药物进行保守治疗，包括排石或激光理疗等，如果症状较重就需要进行手术。如果是肿瘤压迫胆总管引起肝总管的扩张，通常需要进行手术以解除胆道压迫。
对于胆道炎症而言，要以抗生素治疗为主，对于慢性炎症造成胆道粘连的患者，也需要手术治疗。