目前，肛拭子检测比较适合重点人群，例如已经集中隔离进行观察的人群、医院发热门诊中高度怀疑新冠肺炎的人群、出现消化道症状的人群、入境人员以及与新冠肺炎患者密切接触的人员等。
肛拭子采样与鼻拭子、咽拭子比较起来，不会让接受检测者感到更痛苦，但可能会造成心理上的不舒服以及尴尬等。
因为肛拭子操作起来不够便捷，所以现在对大多数人，只采取鼻拭子与咽拭子。这样更加方便快捷，而且适合街道、社区、全城等大规模的核酸检测。