通常情况下肛周脓肿也可以做核酸肛拭子检测。虽然患者有肛周脓肿，但并不会影响肛拭子的检测结果，因为肛拭子取样需要在肛管以及直肠内两处分别取样，从而提高阳性率以及检测准确率，尽可能避免漏诊。
但是，应尽量避免在肛周脓肿急性发作期进行肛拭子核酸检测，因为在取样的过程中，有可能会刺激肛周脓肿的脓腔，而加重患者的疼痛症状。
可以选择在肛周脓肿急性感染期过了以后，再行肛拭子核酸检测。患者在做肛拭子检测前应提前告知医护人员病情，并且在取样时动作尽量轻柔。