骨化性肌炎即便通过手术治疗也不能完全治愈。
如果骨化性肌炎使用药物治疗没有效果，症状进一步的加重，导致了局部的功能丧失，应当考虑进行手术治疗，通过手术能够使关节的功能逐渐恢复，避免出现病理性骨折以及严重的骨质疏松，但是通常很难根治，并且在手术以后复发率较高。
如果是早期的骨化性肌炎，主要是进行药物治疗，比如使用非甾体类抗炎药能够减轻疼痛，通过使用二磷酸盐类的药物减轻或者阻止血肿出现，也能够避免骨膜多次受损，使骨化性肌炎加重。