很多肝内胆管结石的患者，可多年无症状或仅有肝区和胸背部胀痛不适。这是因为肝脏内胆道的通路较多，且胆管外就是肝脏组织，胆管的扩张性相对较差，结石相对固定。所以，患者可以不出现胆道梗阻的症状，以及结石滑动后引起的腹痛。
但是，部分患者的肝内胆管结石较小，可脱落至胆总管，或结石较大，阻塞住了肝内胆管的主干道，也会引起相应的疼痛和胆道梗阻表现，造成炎症和黄疸。
患者可出现头晕乏力、虚弱、食欲不振，以及皮肤发黄、皮肤瘙痒等症状，肝内胆管结石也可引起肝功能的损害，造成相应的症状。