丛集性头痛的确诊，主要是根据患者的病史以及典型的临床表现来进行的，下面这些丛集性头痛的发病特点有助于确诊本病：
1.一侧眼眶、额部、颞部剧烈头痛，每次发作持续20分钟到3个小时不等。
2.疼痛的发作具有周期性，经常固定在每天的某些时刻发作，尤其是在夜间。
3.有自主神经症状，比如流眼泪、结膜充血、鼻充血、眼睑的水肿、面部的流汗、潮红。
4.在头痛发作时有不安感、攻击性行为，比如锤头、砸东西、以头撞墙等。给患者做头颅磁共振等相关的检查，主要是为了排除脑瘤、脑卒中、三叉神经痛等其他的头痛。
如果相关的检查排除了其他引起头痛原因，而且患者又有典型的丛集性头痛的表现，就可以确诊为本病。