肛瘘手术是切口还是挖洞，需要结合手术方式，但大多是切口。
因为大多数的肛瘘为低位肛瘘，而低位肛瘘目前最常采用的手术方式为低位肛瘘切除术或者低位肛瘘瘘管切开术。这两种手术方式都需要将瘘管完全切开，所以是切口，而且切口大多为开放切口，待切口从底端完全愈合以后就可以完全治愈肛瘘。
而如果患者采取的手术方式为lift，这种手术方式是经肛门内、外括约肌间隙到达瘘管，再将瘘管切断，而切断处与肛瘘外口之间的瘘管予以隧道式挖除或者旷置引流，所以这种手术方式就是挖洞。