肛瘘行手术治疗，如果术中瘘管切除不彻底，或者遗漏瘘管，以及术后换药不及时等因素，都可导致复发。
肛瘘是肛门软组织的慢性炎症，通常继发于肛周脓肿之后，是由内溃口、外溃口，以及皮下瘘管三部分组成。肛瘘通常只有一个内溃口，而瘘管和外溃口可以有一个或者多个。
保守治疗对肛瘘无效，手术是唯一有效的治疗方式。术中应该将内溃口、皮下瘘管，以及外溃口全部切除，否则容易复发。术中切口不能缝合，术后应保持创腔引流通畅，每日将创腔内的异物以及脓性分泌物清除干净，否则被包裹入肉芽组织后，容易导致肛瘘复发。