胆管结石可以引起中上腹或者右上腹闷胀不适，可以向后背和肩膀放射，可以打嗝、嗳气、可以厌油腻。结石较小可表现为吃饭、饱餐或者夜间平卧后引起胆绞痛。小石头可能因为胆囊收缩掉落至胆管，导致胆总管结石，发生黄疸。
有些结石还可以长期梗阻，导致胆囊积水。胆囊结石没有感染时一般没有特殊症状，或者仅有右上腹轻度不适，有急性感染时可出现右上腹或中腹压痛、肌紧张。
胆管结石间歇期也可以没有症状，或仅表现为上腹轻度不适，急性期可出现急性化脓性胆管炎表现。比较典型症状是夏科氏三联征，即病人出现腹痛、发热、黄疸。