胆总管结石通常是由于胃肠道的细菌逆行感染引起，部分的胆总管结石来源于胆囊结石。另外，代谢因素的异常也可能导致胆汁成分的改变，从而形成结石。因此在临床治疗过程中，需要根据病因对患者进行对症处理。
由于胆管的直径约为6~8毫米，胆管下部的直径更窄，且周围有oddi括约肌的束缚，因此较大的结石一般均难以掉落，只有较小的结石才有机会从胆囊管掉落至十二指肠，故胆总管结石自愈的机会较少。
临床上，多采取药物和手术共同治疗胆通管结石。药物治疗包括解痉阵痛、消炎利胆等。手术治疗包括胆囊切除，胆总管切开取石T管引流术等。