需不需要切除肝脏需要结合患者的实际病情和临床检查而定。
通常情况下，如果肝内胆管结石造成了肝萎缩，一般病变比较严重而且肝功能的损害也比较大，大部分的情况下肝脏已经产生了不可逆的损害，因此在手术过程中除了取出结石外，还要将萎缩病变的肝脏组织一并切除。
但是也有少部分的病例，比如某些患者肝萎缩是由于单发的肝内较大的结石引起的，通过手术取出结石后萎缩的肝脏组织可逐渐焕发生机。由于肝脏的再生能力极强，即使是切除一半的肝脏，肝脏的功能也可保持正常。