胆总管扩张症手术后最常见的后遗症包括：
1.吻合口的出血。胆总管扩张症的手术是以切除胆总管的病变为主，并行胆肠吻合术，临床上部分患者术后出现吻合口的出血，这是目前胆总管扩张手术后最严重的并发症。
2.吻合口的狭窄。在手术缝合过程中，有些吻合口因为缝合过紧，会造成狭窄，会对术后的恢复造成严重的影响，一般需要再次手术治疗。部分患者的狭窄是因为术后吻合口的水肿造成的，临床上可以通过利尿消肿的治疗，缓解症状。
3.胆瘘。缝合不好时很容易出现胆瘘。
4.胆汁反流性胆管炎。多因术后吻合口狭窄所致等。