甲亢的胎儿畸形能否长好取决于甲亢的控制情况。若早期将甲亢病情控制平稳，则胎儿是很有可能不出现畸形的。但若是甲亢未得到控制，这对于胎儿的健康状况影响是很大的，很有可能出现流产、畸形乃至胎死宫内的。
对于妊娠期甲亢的控制首选药物治疗，丙基硫氧嘧啶一般为首选用药，治疗时应在充分考虑病情需要的情况下尽量避免大剂量用药，大剂量用药产生不良结局的可能性亦较大，应在充分考虑安全的基础上尽早使甲亢的病情得到控制，这样可使胎儿畸形的发生率降低到最小可能。
一般，只要充分重视甲亢对于胎儿的影响并积极治疗，胎儿畸形的可能还是可以避免的。