妊娠期甲亢对胎儿会有很大的影响，容易导致胎儿的畸形，因为妊娠期甲亢容易导致胎儿胎内窘迫、缺血缺氧，从而导致大脑及心脏的供血不足，使得胎儿畸形。
妊娠期甲亢还会增加早产、流产、低体重出生儿、妊高症以及甲亢危象，孕妇充血性心力衰竭的发病率增加，并且甲亢产妇在临产时易发生子宫收缩无力，使难产率的增。甲亢产妇围产期的死亡率增加，由于母体内长效的促甲状腺素物质通过胎盘进入胎儿体内所致先天性甲亢。甲亢患者通过不断的药物治疗会抑制胎儿甲状腺功能，引起先天性甲状腺功能减退的发生，影响胎儿中枢神经系统的发育，导致胎儿智力发育落后。
所以孕妇在怀孕期发现甲亢，一定要按照内分泌科医生的要求，严格的给予药物治疗以及定期的检查复诊。