如果临床上明确了肝包虫病的诊断，是不能够进行肝脏穿刺的，因为穿刺以后很容易导致包囊的破裂，引起腹腔过敏性休克。
除此之外，有出血倾向的人，严重贫血或身体状况很差的人；大量腹水或重度黄疸的人；肝昏迷及有严重的心、肺、肾脏疾病或其他脏器功能衰竭的人；肝脏缩小或肝界叩诊声音不清楚的人；严重肝外阻塞性黄疸伴胆囊肿大的人；严重高血压患者、儿童、老年人、精神疾病患者及胸腔积液或其他脏器急性疾病的患者等。临床上都不建议进行肝脏穿刺。