肝胆管结石的患者可根据病情选择相应的治疗方案，一般来说，无症状的患者或病情较轻的患者，可选择保守治疗，可对症应用解痉止痛、消炎利胆、抑酸护胃的药物。
急性发病时注意卧床休息、禁饮食或低脂饮食、输液、纠正水电解质紊乱和酸碱平衡失调、抗感染、解痉镇痛、利胆和支持对症处理。
出现休克者应加强抗休克治疗，如吸氧、维持血容量、及时使用升压药物等。
但是经保守治疗症状不缓解，或病情加重，如结石发生梗阻，引起腹膜炎、胆管炎或胰腺炎，结石直径大于一厘米的患者，可选择手术治疗。