复杂性肛瘘也应该行手术治疗，复杂性肛瘘由于有多个外口多根瘘管的存在，所以其病变范围偏大，在反复的感染过程中会导致大面积肛门周围组织的纤维增生、瘢痕化，严重的会影响患者肛门功能，会导致患者肛门失禁、狭窄等等。
复杂性肛瘘手术难度相对偏大，手术前需要做一些相关的检查，明确瘘管的数量以及位置、走形等等信息，这样可以在手术时避免瘘管或者内口的遗漏处理，降低术后的复发率。
对于能够切开的复杂性肛瘘应将所有瘘管切开，而对于全部切开有可能创伤太大，造成肛门移位、变形等等的复杂性肛瘘，应首选将主瘘管切开，而支瘘管可以选择挂线治疗。