化脓性关节炎与化脓性骨髓炎的区别主要在于所侵犯的部位不同，导致的临床症状也有所差异。
化脓性关节炎所侵犯的部位是肢体的某一个关节或者是某几个关节。而化脓性骨髓炎侵犯的是局部的骨质，并不包括关节。当然，如果化脓性骨髓炎没有得到良好治疗，感染逐渐加重，最终也可以侵犯到关节，产生化脓性关节炎。
化脓性关节炎和化脓性骨髓炎最终导致的临床症状是不同的。虽然这两者如果较为严重，都可以引发全身的中毒反应，但是化脓性关节炎会导致关节的软骨面的破坏以及骨质的破坏，从而引发关节功能的严重异常。而化脓性骨髓炎只侵犯局部的骨质，通常并不会导致软骨的损伤。