化脓性骨髓炎和关节炎有以下区别：
首先，这两种疾病的性质是完全不同。化脓性骨髓炎是一种感染性疾病，是由于骨质被某种细菌侵袭从而造成局部的感染而形成，而且感染时间较长。而关节炎则并非感染性疾病，关节炎是关节在长时间地受到各种慢性损伤的刺激之后，引发关节软骨面的损伤以及骨质的增生。
其次，化脓性关节炎只会导致感染的局部产生疼痛、肿胀、流脓等症状，如果毒素入血较多还可以引发全身性的发热症状。而关节炎只会引发患有关节炎的关节的疼痛、肿胀以及功能受限症状，并不会引发全身性的发热等症状。