肝外胆管结石的患者疼痛发作时，大多表现为持续性的胀痛，在合并炎症或活动体位时，可出现痉挛性的绞痛。疼痛大部分出现在右上腹，部分患者出现在剑突下，一部分患者疼痛位置不准确。
疼痛大多呈持续性发作，进食油腻食物后可加重，疼痛可放射至右侧的肩背部和腰部，蜷缩体位可缓解，平卧或直立时加重。除此之外，大部分患者很少有发热和黄疸，如发生急性发作，则出现腹痛，寒战高热和黄疸等三联征。如果病情进一步加重，出现了急性化脓性胆管炎，还可以表现出休克、神经中枢系统受抑制等临床表现。