肝内胆管结石本身不会发生癌变，但如果肝内胆管结石不治疗，有可能损伤肝细胞和胆管组织导致癌变。
肿瘤本质是细胞在增生修复过程中出现了错误，使正常的细胞变成肿瘤，因为慢性的长期刺激，细胞修复的过程次数大大增多，修复出现错误的机会也增加。
因此，肝内胆管结石如果不及时治疗，胆结石可以直接刺激胆道组织和肝细胞，也可以出现慢性炎症刺激细胞，最终诱发癌变。因此对于胆结石的治疗，就要遵守早发现、早诊断、早治疗的原则。