尿道炎在感染之后是有一定的潜伏期的。不同病原体感染，其潜伏期也不相同。
对于感染了淋病奈瑟双球菌的患者，其潜伏期一般为1~14天，平均的潜伏期大约在4~5天，并且人体在感染淋病耐瑟菌之后，男性中大约有20%的患者是不出现临床症状的，女性当中可能有60%不出现症状。
非淋菌性尿道炎的患者潜伏期一般相对是比较长的，大约是1~3周，平均潜伏期为10~14天，其感染的病原体最主要为支原体和衣原体，相对于淋菌性尿道炎，非淋菌性尿道炎患者的症状相对较轻，并且发病比较缓慢，容易被漏诊。