非淋菌性尿道炎潜伏期通常为2~3周左右。
当患者在进行了不洁的性生活后的2~3周时，如果出现了排尿疼痛、尿道口分泌物增多等情况就应当考虑存在非淋菌性或淋菌性的尿道炎。应当及时地进行尿液常规、尿分泌物涂片培养等检查，能够发现致病菌的类型为支原体、衣原体等，就可确诊为非淋菌性的尿道炎。
在确诊后应尽早地进行抗感染治疗，主要是使用喹诺酮类或者头孢菌素类的抗菌素进行治疗，比如左氧氟沙星、环丙沙星、头孢曲松等。在治疗的过程当中，患者一定要禁止同房，多注意生理卫生。