非淋菌性尿道炎有一定的潜伏期，潜伏期大概为1~4周左右。如果患者的体质较差，则潜伏期时间较短；体质较好，潜伏期时间较长。
在潜伏期内一般没有临床症状或者是轻度的临床症状，当潜伏期过后，就会导致排尿疼痛、尿道烧灼感、尿道分泌物等症状。如果不及时进行治疗，还会引起精囊炎、子宫内膜炎等并发症，会影响到患者的生育能力。
因此，在出现非淋菌性尿道炎的相关症状后，要及时使用敏感类的抗生素进行治疗。在治疗过程当中，应禁止性生活，禁忌烟酒。