胰腺囊肿的临床表现根据囊肿的大小、位置、性质的不同，表现出来的症状也有所差异。
对于绝大多数以及囊肿而言，最常见的症状包括上腹隐痛、饱胀、恶心、呕吐，囊肿增大时可有压迫症状、便秘、黄疸、腹水、下肢浮肿等。囊肿破裂入腹腔时，有急性腹膜炎表现；破入消化道可形成内瘘，并出现反复高热，腹痛甚至上消化道出血。
如果囊肿破裂出血或化脓感染，除了引起上腹部的疼痛外，还会牵涉性的引起肩背部和腰部的疼痛，因为胰腺属于腹膜后器官，因此临床上造成弥漫性腹膜炎的几率较低，大部分胰腺囊肿的患者需要进行手术治疗。