卵巢巧克力囊肿虽然是良性病变，但是它具有浸润性生长的特性，所以病情是比较严重的。1、卵巢巧克力囊肿影响了卵巢正常排卵的功能，并且可以影响盆腔内环境，导致女性出现不孕症。
2、影响女性月经周期，并且伴有严重的痛经现象，它的痛经特点是来月经时会出现进行性加重的痛经。因为每次来月经，巧克力囊肿当中的子宫内膜也会发生脱落以及出血，囊肿体积逐渐增大，所以痛经现象一次比一次严重。部分女性尽量增多，还可以导致失血性的贫血。