溃疡性结肠炎由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用所致。
第一、环境、饮食、吸烟、卫生条件、生活方式或暴露于某些不明因素都是可能的环境因素。近几十年来，全球溃疡性结肠炎的发病率持续增高。这一现象首先出现在社会经济高度发达的北美、北欧。以往该病在我国少见，现已成为常见疾病，这一疾病谱的变化提示环境因素发挥着重要作用。
第二、遗传，溃疡性结肠炎发病具有遗传倾向，溃疡性结肠炎患者一级亲属发病率显著高于普通人群，而患者配偶的发病率不增加。
第三、感染，多种微生物参与了溃疡性结肠炎的发生和发展。基于下属研究结果新进的观点认为，溃疡性结肠炎是针对自身正常肠道菌群的免疫反应性疾病。
1.用转基因或基因敲除方法造成免疫缺陷的溃疡性结肠炎动物模型。在肠道无菌环境下不发生肠道炎症。但在肠道长正常群菌群状态下，则出现肠道炎症。
2.临床上观察肠道菌群滞留意识、溃疡性结肠炎进入活动期。抗生素或微生态制剂，对某些溃疡性结肠炎患者有益。
第四、免疫因素，持续的天然免疫反应及Th1细胞异常激活等释放出各种炎症介质及免疫调节因子。如白介素1、白介素6、白介素8第五、肿瘤坏死因子等参与了肠黏膜屏障的免疫损伤。针对这些炎症反应通路上的重要分子而开发的生物制剂，如肿瘤坏死因子α单克隆抗体等产生的显著治疗，效果反证了肠粘膜免疫屏障在溃疡性结肠炎发生、发展、转归过程中始终发挥着重要作用。