肝内胆管结石一旦发生后，相对来说比较难变小。对于一部分胆固醇结石，采用各种药物，比如鸡内金和熊去氧胆酸，中药配方胆道排石汤等，都能起到一定的溶石和排石效果。
但是如果只通过单纯的喝水，直径较小的结石有可能排出体外，但并不能使结石变小。由于肝内胆管分支很多，直径又较细，由于肝脏组织的压迫，其扩张程度也不理想。
因此一旦出现结石，很容易造成嵌顿，即使是通过溶石治疗，位置较深的结石也很难排出，因此，目前临床上主张以手术治疗为主。