肝内胆管结石的治疗方法可分为保守治疗和手术治疗，具体的治疗方案需根据患者的病情程度而选择。
一般无症状或症状较轻的肝内胆管结石患者，可选择保守治疗方案，如卧床休息，给予抑酸护胃，解痉止痛、消炎利胆等药物。
如果保守治疗无效或患者的病情较重，如出现食欲不振、恶心、呕吐、消化不良、皮肤颜色加深、皮肤瘙痒的患者，临床上可采用手术治疗，治疗方法包括单纯的胆管切开取石术并放置T型引流管，如果肝内胆管结石集中于肝的某一叶时，且难以取净时，可行肝叶的部分切除术。