胆总管囊肿的手术后遗症，跟手术方案的选择以及患者的个体差异，有着很大的关系。
手术的后遗症主要分为早期的并发症和晚期的并发症，早期的并发症主要是跟手术相关的，如刀口的感染、腹腔的感染、肺部的感染以及肝管、肝总管、空肠吻合的地方不愈合、吻合口漏、胆汁漏等并发症。
胆总管囊肿手术后期也有并发症，主要包括Oddi括约肌损伤后形成反流性胆管炎，主要症状就是反酸、嗳气、食欲不振、腹痛等，部分患者可能会出现吻合口的狭窄，病人出现反流性胆管炎的几率就更大，并且肝内容易形成结石，且诱发相关疾病。