胆管结石与胆管炎发病的原因可为先天性以及后天性因素所致，先天性的因素主要指胆管先天性发育不良、胆管狭窄造成胆汁淤积，容易诱发感染，造成胆管结石与胆管炎。
临床上常见的病因多为后天性因素所致，包括胆道的感染以及损伤、胆道蛔虫病等，其中以胆道的感染最为常见，多为消化道的细菌逆行感染所致，肝脓肿、胰腺炎、阑尾炎等也可诱发，致病菌多为大肠癌细菌、炎症感染导致胆汁的成分异常，胆盐结晶析出形成结石。
此外，胆管结石还可继发于胆囊结石，胆道的损伤可为外力损伤，也可为术中操作的损伤，胆管壁的损伤是此病发生的诱因之一。