跑步时有小腿肌肉酸痛，是因为跑步活动时人体的下肢有持续外力刺激，可以出现小腿肌肉频繁收缩、舒张活动，容易有小腿三头肌疲劳性损伤，影响乳酸代谢分解。肌肉内产生大量酸性物质堆积后，会出现小腿肌肉组织酸痛、肿胀，影响活动。
另外，病人患有小腿部位肌肉内无菌性炎症，出现筋膜炎、滑囊炎，或者有骨骼骨量减少、小腿骨质疏松症，都会在跑步时加重局部的病情，出现小腿肌肉组织酸痛、无力。要及时进行镇痛对症治疗，缓解临床表现。