先天性脊柱裂腰痛，患者可服用消炎、止痛药物，临床上常用的药物主要有布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚、双氯芬酸钠缓释胶囊等，可有效减轻腰部疼痛。同时，也可针对局部外敷止痛膏，可起到舒筋活络、活血止痛的功效。
在疼痛发作时，可针对腰部进行按摩、热敷等理疗，也有助于缓解腰痛症状。如果患者腰痛症状特别严重，可选择局部封闭治疗。可减轻并逐渐控制疼痛，改善临床症状。
除了应用以上治疗方法以外，患者应多注意休息，避免久站、久坐，尤其要避免长时间保持弯腰的姿势，避免腰部负重。