肌腱损伤的严重程度不同，处理方法也不一样。
如果是轻度的肌腱损伤，通常是进行保守治疗，使用布洛芬、双氯芬酸钠等抗炎止痛药改善局部的疼痛，消除局部炎症。在疼痛的症状特别严重时，还可向局部注射糖皮质激素，能够起到高效抗炎以及快速止痛的效果，但不可多次使用，避免造成肌腱断裂。也可使用一些物理疗法进行辅助治疗，比如红外线照射、体外冲击波治疗等。
如果是比较严重的肌腱损伤，应当考虑进行手术治疗，比如肌腱缝合术、肌腱移植术等。